1997 Bei der Wahl zum "Binnenhafen des Jahres" erreichte Mierka Donauhafen Krems hinter dem weltgrößten Binnenhafen Duisburg unter 44 nominierten Hafenplätzen den 2. Platz. Weiters wurde in diesem Jahr das erste Mal mehr als 1 Mio. Tonnen im Hafen Krems umgeschlagen.
1998 Aufgrund der kontinuierlich steigenden Umschlagsmengen, wird im Jahr 1998 eine 40 Tonnen Kranbrücke am Südufer in Betrieb genommen (Investition durch die HIB).
1999 Im Jahr 1999 werden die Unternehmen Mierka Befrachtung Gesellschaft m.b.H. und die Danugrain Lagerei GmbH gegründet. Weiters erfolgt die Errichtung einer Schüttguthalle am Südufer mit einer Lagerkapazität von 8.000m³. Zerstörung der Donaubrücke von Novi Sad im Rahmen des NATO Einsatzes, im Zuge des Kosovo Konfliktes.
2000 Die Lagerfläche des Containerterminals wird um 30.000m² erweitert.
2001 Mierka Donauhafen Krems akquiriert Firma Exterstahl, welche ihre Anlagen zur Erzeugung von Stahlblech am Nordurfer errichtet.
2002 Jahrhunderthochwasser. Trotz Schäden am Südufer rasche Wiederherstellung aller Umschlags- und Lagereinrichtungen und neuerliche Rekordumschlagsmenge im Jahr 2002.
2003 Errichtung der Lagerhalle 6 am Südufer mit einer Lagerkapazität von 2.000m² für palettierte Produkte. Beschluß der Stadt Krems zur Errichtung eines Hochwasserschutzes (Hafentor) für den Hafen Krems.
2004 Im Herbst wird eine 2.000m² Leichtbauhalle errichtet. Weiters wird in ein Barcodesystem zur Steuerung der Lagerwirtschaft investiert. Rekordgesamtumschlag von 1,6 Mio. Tonnen.